99學年度碩士班報名人數統計表
| 系所 | 組別 | 一般生 | 在職生 | 合計人數 |
| 中國文學系 | 128 | 0 | 128 | |
| 外國語文學系 | 63 | 2 | 65 | |
| 歷史學系 | 62 | 2 | 64 | |
| 圖書資訊學研究所 | 37 | 2 | 39 | |
| 台灣文學與跨國文化研究所 | 37 | 0 | 37 | |
| 財務金融學系 | 905 | 0 | 905 | |
| 國家政策與公共事務研究所 | 69 | 0 | 69 | |
| 國際政治研究所 | 106 | 0 | 106 | |
| 企業管理學系 | 306 | 0 | 306 | |
| 科技管理研究所電子商務班 | 甲組 | 79 | 0 | 79 |
| 科技管理研究所電子商務班 | 乙組 | 116 | 0 | 116 |
| 科技管理研究所科技管理班 | 甲組 | 48 | 0 | 48 |
| 科技管理研究所科技管理班 | 乙組 | 239 | 0 | 239 |
| 科技管理研究所科技管理班 | 丙組 | 19 | 0 | 19 |
| 會計學系 | 590 | 0 | 590 | |
| 資訊管理學系 | 403 | 0 | 403 | |
| 行銷學系 | 甲組 | 400 | 0 | 400 |
| 行銷學系 | 乙組 | 124 | 0 | 124 |
| 法律學系科技法律碩士班 | 41 | 0 | 41 | |
| 教師專業發展研究所 | 65 | 0 | 65 | |
| 運動與健康管理研究所 | 甲組 | 45 | 0 | 45 |
| 運動與健康管理研究所 | 乙組 | 30 | 0 | 30 |
| 農藝學系 | 甲組 | 18 | 1 | 19 |
| 農藝學系 | 乙組 | 45 | 5 | 50 |
| 農藝學系 | 丙組 | 10 | 0 | 10 |
| 園藝學系 | 甲組 | 85 | 2 | 87 |
| 園藝學系 | 乙組 | 32 | 2 | 34 |
| 森林學系 | 甲組 | 73 | 2 | 75 |
| 森林學系 | 乙組 | 27 | 0 | 27 |
| 應用經濟學系 | 229 | 1 | 230 | |
| 植物病理學系 | 甲組 | 29 | 0 | 29 |
| 植物病理學系 | 乙組 | 22 | 0 | 22 |
| 昆蟲學系 | 42 | 0 | 42 | |
| 動物科學系 | 甲組 | 22 | 0 | 22 |
| 動物科學系 | 乙組 | 34 | 0 | 34 |
| 動物科學系 | 丙組 | 28 | 0 | 28 |
| 土壤環境科學系 | 甲組 | 31 | 1 | 32 |
| 土壤環境科學系 | 乙組 | 6 | 0 | 6 |
| 生物產業機電工程學系 | 甲組 | 6 | 0 | 6 |
| 生物產業機電工程學系 | 乙組 | 19 | 0 | 19 |
| 生物產業機電工程學系 | 丙組 | 45 | 0 | 45 |
| 生物產業機電工程學系 | 丁組 | 56 | 0 | 56 |
| 生物科技學研究所 | 138 | 0 | 138 | |
| 水土保持學系 | 甲組 | 23 | 0 | 23 |
| 水土保持學系 | 乙組 | 83 | 0 | 83 |
| 水土保持學系 | 丙組 | 22 | 0 | 22 |
| 食品暨應用生物科技學系 | 甲組 | 141 | 0 | 141 |
| 食品暨應用生物科技學系 | 乙組 | 67 | 1 | 68 |
| 食品暨應用生物科技學系 | 丙組 | 124 | 1 | 125 |
| 生管系生物產業管理班 | 甲組 | 6 | 2 | 8 |
| 生管系生物產業管理班 | 乙組 | 50 | 5 | 55 |
| 生管系鄉村規劃班 | 32 | 2 | 34 | |
| 國際農學碩士學位學程 | 7 | 0 | 7 | |
| 獸醫學系 | 甲組 | 37 | 3 | 40 |
| 獸醫學系 | 乙組 | 46 | 3 | 49 |
| 微生物暨公共衛生學研究所 | 甲組 | 24 | 0 | 24 |
| 微生物暨公共衛生學研究所 | 乙組 | 21 | 2 | 23 |
| 獸醫病理生物學研究所 | 甲組 | 14 | 1 | 15 |
| 獸醫病理生物學研究所 | 乙組 | 3 | 0 | 3 |
| 化學系 | 535 | 1 | 536 | |
| 應用數學系 | 67 | 0 | 67 | |
| 應用數學系計算科學班 | 97 | 5 | 102 | |
| 物理學系 | 111 | 0 | 111 | |
| 物理學系生物物理班 | 5 | 0 | 5 | |
| 資訊科學與工程學系 | 525 | 0 | 525 | |
| 資訊網路與多媒體研究所 | 500 | 0 | 500 | |
| 統計學研究所 | 135 | 1 | 136 | |
| 奈米科學研究所 | 46 | 0 | 46 | |
| 生命科學系 | 甲組 | 66 | 3 | 69 |
| 生命科學系 | 乙A | 39 | 0 | 39 |
| 生命科學系 | 乙B | 32 | 0 | 32 |
| 生命科學系 | 丙組 | 130 | 0 | 130 |
| 分子生物學研究所 | 163 | 0 | 163 | |
| 生物化學研究所 | 149 | 0 | 149 | |
| 生物醫學研究所 | 76 | 1 | 77 | |
| 基因體暨生物資訊學研究所 | 69 | 0 | 69 | |
| 機械工程學系 | 甲組 | 153 | 0 | 153 |
| 機械工程學系 | 乙組 | 165 | 0 | 165 |
| 機械工程學系 | 丙組 | 176 | 0 | 176 |
| 機械工程學系 | 丁組 | 114 | 0 | 114 |
| 機械工程學系 | 戊組 | 42 | 0 | 42 |
| 土木工程學系 | 甲組 | 112 | 0 | 112 |
| 土木工程學系 | 乙組 | 54 | 0 | 54 |
| 土木工程學系 | 丙組 | 64 | 0 | 64 |
| 土木工程學系 | 丁組 | 35 | 0 | 35 |
| 土木工程學系 | 戊組 | 13 | 0 | 13 |
| 環境工程學系 | 甲組 | 117 | 0 | 117 |
| 環境工程學系 | 乙組 | 104 | 0 | 104 |
| 電機工程學系 | 甲組 | 153 | 0 | 153 |
| 電機工程學系 | 乙組 | 431 | 0 | 431 |
| 電機工程學系 | 丙組 | 52 | 0 | 52 |
| 電機工程學系 | 丁組 | 778 | 0 | 778 |
| 化學工程學系 | 甲組 | 446 | 0 | 446 |
| 化學工程學系 | 乙組 | 75 | 0 | 75 |
| 材料科學與工程學系 | 甲組 | 251 | 1 | 252 |
| 材料科學與工程學系 | 乙組 | 76 | 2 | 78 |
| 精密工程研究所 | 160 | 0 | 160 | |
| 生醫工程研究所 | 43 | 0 | 43 | |
| 通訊工程研究所 | 241 | 0 | 241 | |
| 光電工程研究所 | 213 | 0 | 213 | |
| 總計 | 12422 | 54 | 12476 | |